Esta reestructuración busca también mejorar la vigilancia y la transparencia, tras los escándalos de corrupción que afectaron a Segalmex en años anteriores, que incluyeron desvío de recursos y contratos irregulares. La Sader enfatizó que, durante el proceso de transición, se vigilará cuidadosamente que todas las transferencias de granos o recursos financieros se formalicen adecuadamente para garantizar registros contables claros y facilitar la fiscalización por parte de los entes controladores. El objetivo común de ambas entidades seguirá siendo la promoción de la autosuficiencia alimentaria en México.