La gestión de la publicación también ha sido objeto de críticas.

Al menos 16 archivos, incluida una fotografía donde aparecía Trump con Epstein, Melania Trump y Maxwell, fueron eliminados temporalmente del sitio web del DOJ, lo que desató acusaciones de encubrimiento. El fiscal general adjunto, Todd Blanche, negó que Trump tuviera algo que ver con la eliminación, atribuyéndola a peticiones de organizaciones de víctimas para proteger identidades, y aseguró que la idea de que se retiró por la presencia del presidente es “absurda”.