Según el Departamento de Justicia de EE. UU., sus hijos, conocidos como "Los Chapitos", asumieron el liderazgo mediante el uso de la violencia contra antiguos aliados de su padre. La fragmentación se agudizó con la captura de Ismael "El Mayo" Zambada en julio de 2024, presuntamente traicionado por los propios Chapitos, lo que desató una guerra interna en Sinaloa entre ambas facciones que persiste hasta hoy. Mientras el Cártel de Sinaloa se desmoronaba internamente, el Cártel Jalisco Nueva Generación (CJNG), liderado por Nemesio Oseguera Cervantes, "El Mencho", aprovechó la situación para expandirse territorialmente, consolidándose como la organización con mayor presencia en México. Este reacomodo criminal se da en un contexto en el que Estados Unidos ha designado a los principales cárteles mexicanos como "organizaciones terroristas", cambiando el enfoque de la lucha antinarcóticos. Hoy, Guzmán Loera cumple una condena de cadena perpetua en la prisión de máxima seguridad ADX Florence, en Colorado.