Su estado físico, gestionado a través de trabajo dosificado, y diversas lesiones han limitado su impacto en el equipo durante el Apertura 2025. La situación de Hernández ha sido una constante de incertidumbre para el Rebaño Sagrado. En la previa del duelo contra Querétaro por la jornada 14, se anunció que el delantero no fue convocado por una decisión técnica para "dosificar sus cargas de trabajo", una medida preventiva de cara a la recta final del torneo. Esta ausencia se sumó a otras a lo largo de la campaña, generando dudas sobre su plena recuperación y su rol en el equipo. Un artículo posterior a la goleada sobre Atlas menciona que 'Chicharito' se mantenía lesionado y continuaba con trabajo diferenciado, al igual que Alan Mozo, quien se recuperaba de una operación de rodilla. Esta condición le impidió estar disponible para el Clásico Tapatío, un partido que se esperaba pudiera disputar.

Con su contrato finalizando y sin argumentos deportivos sólidos para una renovación, según un artículo, su futuro en el club es incierto.

La falta de continuidad ha impedido que el histórico goleador se consolide como el referente ofensivo que la afición esperaba, cediendo el protagonismo a canteranos como Armando González.