La controversia sobre el lugar de su rehabilitación pone en duda su continuidad en el club universitario. José Juan Macías enfrenta un panorama complicado tras sufrir una devastadora lesión en la rodilla izquierda durante la Jornada 17 contra Cruz Azul, la cual incluye una "ruptura completa de ligamento cruzado anterior, ruptura de ligamento colateral medial y ruptura de menisco medial". El pronóstico de recuperación, estimado en ocho a nueve meses, llegó en un momento crucial, ya que su contrato de seis meses con Pumas estaba por finalizar.

Inicialmente, se reportó que la directiva felina planeaba renovar su contrato y apoyarlo durante su rehabilitación. Sin embargo, surgió una diferencia fundamental que alteró los planes: Macías expresó su deseo de ser tratado médicamente en Estados Unidos, mientras que la directiva universitaria prefería que la recuperación se llevara a cabo en México. Esta discrepancia, según los informes, provocó que el club reconsiderara la renovación, abriendo la puerta a su salida. Desde una perspectiva legal, un abogado especialista en derecho deportivo aclaró que, si bien Pumas no está obligado a renovarle el contrato, sí debe cubrir el cien por ciento de su salario base durante el período de incapacidad (hasta 52 semanas) y todos los gastos de cirugía y rehabilitación, incluso si se realizan en el extranjero con justificación médica. La situación es particularmente desafortunada para el jugador, cuyo rendimiento en el Apertura 2025 fue notable a pesar de las circunstancias de su llegada, sumando cuatro goles y dos asistencias en 340 minutos, una producción superior a la de fichajes de alto perfil en la liga.