Su legado, conocido como "Lapuentismo", marcó una era y su influencia se extiende a través de jugadores, técnicos y directivos que lo consideran un maestro.

Lapuente fue el artífice de épocas gloriosas para varios clubes, consiguiendo cinco títulos de liga: dos con Puebla (1982-83 y 1989-90), dos con Necaxa (1994-95 y 1995-96) y uno con América (Verano 2002). Sin embargo, su logro más emblemático fue con la Selección Mexicana, a la que guio para conquistar la Copa Confederaciones de 1999, el único título oficial de la FIFA para el Tri a nivel mayor. Su filosofía, el "Lapuentismo", priorizaba el orden defensivo, el equilibrio táctico y una eficacia ofensiva letal, una escuela que rivalizó con el "Lavolpismo" de Ricardo La Volpe y que formó a técnicos como Enrique Meza y Miguel Herrera.

Figuras que estuvieron bajo su mando lo recuerdan con profunda admiración.

Ricardo Peláez, con la voz quebrada, lo describió para ESTO como "el mejor técnico, uno de los mejores en la historia, si no es que el mejor". Jorge Campos también expresó su gratitud, recordando cómo Lapuente confió en él para el Mundial de 1998 a pesar de una lesión. Su carácter frontal también fue un sello, con frases icónicas como "si quieren espectáculo, vayan al circo" y su firme postura en contra de los naturalizados en la selección. Tras su muerte, incluso surgió una iniciativa en el Congreso de Puebla para renombrar el Estadio Cuauhtémoc en su honor, un testamento de su impacto perdurable.