Los cruces de cuartos de final enfrentarán al líder y vigente campeón, Toluca, contra FC Juárez, equipo que clasificó por primera vez en su historia a la Liguilla. Por otro lado, el sublíder Tigres se medirá a los Xolos de Tijuana, que aseguraron su lugar como el séptimo clasificado. Uno de los duelos más atractivos será el que protagonicen dos de los llamados 'cuatro grandes', Cruz Azul y Chivas, reavivando una rivalidad con casi dos décadas sin enfrentarse en la fiesta grande. Finalmente, América y Monterrey reeditarán la final del Apertura 2024, en una serie que añade un elemento de revancha para el conjunto regiomontano. La programación de los partidos generó controversia, ya que la Liga MX modificó el calendario habitual para que tres encuentros se disputaran en la jornada de miércoles-sábado. Esta decisión afectó directamente la serie entre América y Rayados, cuyo partido de vuelta se jugará el sábado para no coincidir con un concierto del cantante Junior H en la Plaza de Toros México, aledaña al Estadio Ciudad de los Deportes. La liga justificó la medida amparándose en el Artículo 17 de su reglamento, que le faculta para reprogramar partidos ante “condiciones extraordinarias”, considerando la recomendación de la autoridad gubernamental como una justificación suficiente para garantizar la seguridad de los asistentes a ambos eventos.