Cuando su regreso parecía inminente para la fase final, el jugador presentó nuevas molestias, reportadas como un posible problema de tendones. Esta situación lo descartó por completo para el partido de ida en Monterrey y generó serias dudas sobre su participación en la vuelta. La situación escaló a nivel directivo, ya que, según informes, la recaída se debió a un manejo inadecuado de su recuperación. Como consecuencia, la directiva del Deportivo Toluca decidió despedir a tres kinesiólogos del primer equipo, a quienes se responsabilizó por el tratamiento que derivó en la nueva lesión del delantero. La baja de Vega representó un desafío para el esquema de Antonio Mohamed, quien tuvo que prescindir de uno de sus jugadores más influyentes en la ofensiva en el momento más crucial de la temporada. A pesar de esta sensible ausencia, el equipo logró sobreponerse y avanzar a la final, aunque la condición física de su capitán sigue siendo una de las principales preocupaciones de cara a la disputa por el título contra Tigres.