El Apertura 2025 no fue mejor.

A pesar de clasificar en cuarto lugar, las Águilas fueron eliminadas en cuartos de final por Monterrey, en una serie marcada por un error de Kevin Álvarez que permitió el gol de Germán Berterame, dándole el pase a los Rayados a pesar de jugar con diez hombres.

El panorama internacional fue igualmente desolador.

En la Concachampions, fueron eliminados en cuartos de final por su acérrimo rival, Cruz Azul. En la Leagues Cup, el equipo tuvo un desempeño pobre, sin lograr una sola victoria en tiempo regular en sus tres partidos y quedando fuera en la fase de grupos. La temporada estuvo plagada de altibajos, lesiones importantes como la de su capitán Henry Martín, y una falta de contundencia que contrastó con su dominio previo, aplicando la máxima del club: "si no se logra un campeonato, es fracaso".