El equipo no logró levantar ningún trofeo, quedando eliminado en instancias clave tanto a nivel nacional como internacional.

Después de haber conseguido un tricampeonato, las Águilas iniciaron el año como el máximo favorito para dominar la Liga MX. Sin embargo, el primer golpe llegó en la final del Clausura 2025, donde fueron superados por el Toluca de Antonio Mohamed, que se coronó gracias a las anotaciones de Luan y Alexis Vega, rompiendo así la hegemonía americanista. El fracaso se extendió al ámbito internacional; en la Copa de Campeones de Concacaf, fueron eliminados en cuartos de final por su acérrimo rival, Cruz Azul, equipo al que no pudieron vencer en todo el semestre. La Leagues Cup representó otra desilusión, ya que el equipo de André Jardine no logró superar la fase de grupos, quedando fuera de la siguiente ronda y confirmando sus dificultades fuera de México. El año culminó con una dolorosa eliminación en los cuartos de final del Apertura 2025 a manos de Monterrey. A pesar de necesitar solo dos goles en la vuelta y lograrlos, un error defensivo de Kevin Álvarez permitió que Germán Berterame anotara el gol que le dio el pase a los Rayados, quienes jugaban con diez hombres. Este cúmulo de resultados adversos, sumado a lesiones de jugadores clave como Henry Martín, definió un 2025 para el olvido en Coapa.