El primer gran golpe llegó en el Clausura 2025. Las Águilas alcanzaron su cuarta final consecutiva, pero cayeron ante los Diablos Rojos del Toluca, que se impusieron en el marcador global y apagaron el sueño del cuarto título al hilo en su propio estadio.

La segunda mitad del año no trajo redención.

En el Apertura 2025, el equipo de André Jardine fue eliminado en los Cuartos de Final por los Rayados de Monterrey. La eliminación fue particularmente dolorosa, ya que se produjo por un error individual de Kevin Álvarez cuando Monterrey jugaba con diez hombres, permitiendo un gol de Germán Berterame que sentenció la serie.

El fracaso no se limitó a la competencia local.

En la Copa de Campeones de la Concacaf, fueron eliminados por su acérrimo rival, Cruz Azul, en Cuartos de Final. Posteriormente, en la Leagues Cup, el equipo tuvo una actuación deficiente, sin lograr una sola victoria en tiempo regular y quedando fuera en la fase de grupos. La frase que resuena en el entorno del club es que "si no se logra un campeonato, es fracaso", y bajo esa premisa, el 2025 fue un año de fracaso absoluto para la institución más ganadora de México.