Este año representó un fracaso para la institución, que ahora busca reestructurarse de cara al Clausura 2026. El año que prometía la consolidación de una dinastía terminó en una profunda decepción para el americanismo. Después de un tricampeonato, las Águilas llegaron a la final del Clausura 2025 como amplias favoritas, pero fueron superadas por el Toluca, que se coronó en su propio estadio con goles de Luan y Alexis Vega, poniendo fin a la hegemonía azulcrema.

El segundo semestre no trajo redención.

En el Apertura 2025, el equipo fue eliminado en cuartos de final por Monterrey de manera dramática, cediendo el pase en casa tras un error defensivo de Kevin Álvarez cuando su rival jugaba con diez hombres. A estos fracasos en la Liga MX se sumaron pobres actuaciones en torneos internacionales como la Concachampions, donde fueron eliminados por Cruz Azul, y la Leagues Cup, donde no lograron avanzar de la fase de grupos. La irregularidad del equipo estuvo marcada por lesiones de jugadores clave, como su capitán Henry Martín, quien se perdió gran parte del torneo. Ante este panorama, la directiva ya planea una reestructuración para el Clausura 2026, con rumores sobre la llegada de jugadores como Jesús Angulo y Vitinho, y la posible salida de elementos como Kevin Álvarez, Javairo Dilrosun e Igor Lichnovsky, buscando revertir un año que la propia filosofía del club califica como un rotundo fracaso.