El primer gran golpe llegó en el Clausura 2025, donde, tras alcanzar su cuarta final consecutiva, fueron superados por Toluca, que les arrebató el título y puso fin a su hegemonía. Posteriormente, el equipo fracasó en el ámbito internacional durante la Leagues Cup, un torneo pendiente para los equipos mexicanos, donde no lograron superar la fase de grupos. El Apertura 2025 no trajo la redención esperada; a pesar de clasificar en cuarto lugar, las Águilas fueron eliminadas en cuartos de final por Monterrey. La derrota fue particularmente dolorosa, ya que se produjo por un error de Kevin Álvarez que permitió un gol de Germán Berterame cuando Rayados jugaba con diez hombres. A lo largo del año, el equipo sufrió de inconsistencia, lesiones importantes como la de su capitán Henry Martín, y una notoria falta de eficacia en momentos clave, como en la Concachampions, donde fueron eliminados por Cruz Azul. El 2025 cierra como un año para el olvido en Coapa, con una deuda pendiente con su afición y la obligación de buscar una revancha en 2026.