Paralelamente, la respuesta de las autoridades federales a esta crisis también está bajo escrutinio. Según el Sistema Nacional de Alerta de Violación de Derechos Humanos de la CNDH, Sinaloa se ha posicionado en 2025 en el primer lugar nacional de quejas por empleo arbitrario de la fuerza pública contra la Secretaría de Marina y la Sedena, y en tercer lugar contra la Guardia Nacional. Una gran parte de estos expedientes se concentran en Culiacán. Un testimonio anónimo de un residente de Culiacán, llamado Cristian, relata cómo fue golpeado e interrogado ilegalmente en su domicilio por agentes federales, quienes además le robaron su celular. Este tipo de incidentes refleja un aumento en los señalamientos por abusos de autoridad por parte de las fuerzas desplegadas para contener la violencia.