Sin embargo, la obra no está exenta de controversia.

El Instituto Nacional de Antropología e Historia (INAH) ha advertido sobre el riesgo que corren cerca de 200 inmuebles con valor histórico registrados que se encuentran en la ruta del proyecto. Esta preocupación patrimonial añade una capa de complejidad a la ejecución, requiriendo un cuidadoso equilibrio entre la modernización de la infraestructura y la preservación histórica. La continuidad del proyecto, a pesar del cambio en la alcaldía de San Pedro, subraya la importancia que ambas administraciones le otorgan para el futuro de la movilidad regional.