La situación financiera del organismo se ha deteriorado notablemente.

La deuda con proveedores a corto plazo aumentó un 42% en el último año, alcanzando los 1,627.3 millones de pesos. A esto se suman compromisos de pago anuales por el financiamiento del Acueducto Cuchillo 2, que ascienden a 1,682 millones de pesos, y pasivos a largo plazo por 4,811 millones. Un factor clave que agrava la crisis es el cobro del "impuesto verde" por parte del Gobierno de Nuevo León, que ha extraído del organismo alrededor de 2,900 millones de pesos entre 2023 y 2025, con una proyección de pago de 1,162 millones adicionales para 2026. Este cobro es considerado ilegal por miembros del Consejo de Administración de AyD, ya que el Artículo 12 de la ley que crea la paraestatal la exenta de impuestos estatales y municipales. Un integrante del Consejo afirmó que este impuesto es "la manera de ordeñar la paraestatal", lo que le genera un déficit y la obliga a endeudarse. Debido a la falta de flujo de efectivo, AyD se prepara para solicitar un nuevo endeudamiento de aproximadamente 2 mil millones de pesos para 2026, perpetuando un ciclo de deuda que compromete la sostenibilidad del servicio de agua en la región.