La paraestatal ha visto cómo sus deudas se disparan.

Al cierre del tercer trimestre de 2025, la deuda con proveedores a corto plazo aumentó un 42% respecto al año anterior, alcanzando los 1,627.3 millones de pesos. A esto se suman pasivos a largo plazo por 4,811 millones de pesos y el compromiso de pago anual por el financiamiento del Acueducto Cuchillo II. La situación ha obligado a AyD a solicitar nuevamente endeudamiento para 2026, por un monto cercano a los 2,000 millones de pesos.

Un factor que agrava la crisis es el cobro del "impuesto verde" por parte del Gobierno estatal.

Entre 2023 y 2025, AyD ha pagado alrededor de 2,900 millones de pesos por este concepto, y se proyecta un pago de 1,162 millones más para 2026. Este cobro ha sido calificado como ilegal por miembros del Consejo de Administración, ya que el Artículo 12 de la ley que crea el organismo estipula que está "exenta del pago de cualquier clase de impuesto y derechos estatales o municipales". Esta situación ha llevado a acusaciones de que el Estado está "exprimiendo" u "ordeñando" a la paraestatal, mermando sus finanzas y forzándola a un mayor endeudamiento para poder operar e invertir.