Su salud se había deteriorado desde 2023, obligándolo a ser hospitalizado en varias ocasiones. Tras su deceso, se organizaron honras fúnebres en Playas de Rosarito, Tecate y Tijuana, que culminaron con su sepultura en la Capilla de Cristo Resucitado de la Catedral de Tijuana. El obispo auxiliar, Mario Nicolás Villanueva Arellano, anunció oficialmente el periodo de Sede Vacante, explicando que el Papa designará un administrador apostólico para gobernar temporalmente la arquidiócesis hasta el nombramiento de un sucesor.

Durante los servicios funerarios, familiares y feligreses recordaron al arzobispo como un pastor que sirvió 'con entrega, fe y amor'.

Su sobrino, José Moreno, lo describió como 'muy humano, muy cercano a la gente'. Durante su gestión en la frontera, Moreno Barrón fue reconocido por su trabajo en favor de los migrantes y sus constantes llamados a la paz en una región afectada por la violencia. La Conferencia del Episcopado Mexicano expresó sus condolencias y se unió en oración por su eterno descanso.