Argumentaron que la reforma profundiza la militarización del país al transferir más funciones civiles a las fuerzas armadas. La diputada del PRI, Ariana del Rocío Rejón Lara, acusó que la reforma “secuestra a la Armada” y la hace responder a un partido político en lugar de a la Constitución. Un punto de gran controversia fue la eliminación de la mención explícita que obligaba a la Marina a mantener el “respeto irrestricto a los derechos humanos” en sus operativos, una cláusula presente en la ley de 2021.