En una acción inmediata, se relevó al secretario de Seguridad estatal, nombrando a José Antonio Cruz Medina.

La investigación federal rápidamente arrojó resultados con la captura en Morelia de Jorge Armando 'N', alias 'El Licenciado', identificado como autor intelectual y líder de una célula del Cártel Jalisco Nueva Generación (CJNG). Según García Harfuch, la orden de asesinar a Manzo fue una venganza por la detención de otro líder del CJNG en agosto. “El análisis minucioso de evidencias y la coordinación interinstitucional permitió avanzar de manera determinante en la investigación”, afirmó el secretario.

Sin embargo, esta versión oficial es cuestionada.

El diputado Carlos Bautista Tafolla, del Movimiento del Sombrero fundado por Manzo, puso en duda la narrativa del CJNG y exigió investigar al exalcalde de Uruapan, Ignacio Campos, contra quien Manzo había presentado más de 100 denuncias por corrupción. Asimismo, la viuda de Manzo y ahora alcaldesa, Grecia Quiroz, pidió investigar al senador de Morena, Raúl Morón, y al diputado Leonel Godoy, con quienes Manzo tenía confrontaciones públicas.

Morón se deslindó de las acusaciones, afirmando tener “las manos totalmente limpias”.

El fiscal de Michoacán, Carlos Torres Piña, no descartó un móvil político, añadiendo que “hay más personas involucradas”.